納税証明書の消費税はどれを取る？特定技能の受入企業が出す「その3」の税目Q&A

特定技能の申請書類をそろえるとき、法人なのに税務署で「その3の3」を取っていませんか。あるいは「消費税の納税証明書」だけを取っていませんか。

結論から言うと、特定技能所属機関（受入企業）が出す国税の納税証明書は、出入国在留管理庁の「特定技能外国人の受入れに関する運用要領」が税目を指定した「その3」です。法人なら源泉所得税及び復興特別所得税・法人税・消費税及び地方消費税の3税目、個人事業主なら源泉所得税及び復興特別所得税・申告所得税及び復興特別所得税・消費税及び地方消費税・相続税・贈与税の5税目です。国税庁の「その3の3」「その3の2」は源泉所得税が入っていないので、この税目をすべては含みません。

一方で、条件を満たす受入企業は申請のたびにこの証明書を出す必要がなく、毎年の定期届出でまとめて確認される仕組みになっています。次の定期届出（2026年4月1日〜2027年3月31日分）は2027年5月31日が提出期限です。証明書の選び方と、いつ・どこで使うかを10問で確かめます。

どの納税証明書を取るか

Q1. 特定技能の受入企業が出す納税証明書は、どれですか

国税は税目を指定した「その3」、地方税は住民税の納税証明書です。運用要領は、特定技能所属機関の基準のうち「労働、社会保険及び租税に関する法令の規定の遵守」（特定技能基準省令第2条第1項第1号）を確かめる書類として、次のものを挙げています（第5章第2節第1（1）【確認対象の書類】）。

区分	法人	個人事業主
国税（税務署）	納税証明書（その3） 税目：源泉所得税及び復興特別所得税、法人税、消費税及び地方消費税	納税証明書（その3） 税目：源泉所得税及び復興特別所得税、申告所得税及び復興特別所得税、消費税及び地方消費税、相続税、贈与税
国税に未納がある場合	未納がある税目の「未納税額のみ」の納税証明書（その1）で、備考欄に換価の猶予・納税の猶予・納付受託中である旨の記載があるもの
地方税（市区町村など）	税目を法人住民税とする直近2年度分の納税証明書	税目を個人住民税とする直近2年度分の納税証明書

このほか、労働保険料・社会保険料の納付に関する資料も同じ基準の確認書類として並んでいます。税金の証明書だけをそろえて終わりにしないよう、申請書類の一覧表とあわせて確かめてください。

Q2. 「その3の3」や「その3の2」ではだめですか

運用要領が指定する税目をすべては含まないので、指定の税目で「その3」を請求するのが確実です。国税庁の説明では、その3の3は「法人税と消費税及地方消費税」、その3の2は「申告所得税及復興特別所得税と消費税及地方消費税」に未納の税額がないことの証明です。どちらにも源泉所得税及び復興特別所得税が入っていません。個人事業主のその3の2には、相続税・贈与税も入っていません。

社員の給与から所得税を源泉徴収している会社は、この源泉所得税の納付状況も確認の対象です。「法人ならその3の3」と選んでしまうと、源泉所得税の分が抜けます。請求するときは、証明書の種類を「その3」とし、上の表の税目を指定してください。

その3の取り間違い全般は、納税証明書（その3）のよくある間違いの記事でも整理しています。

Q3. 「消費税の納税証明書」だけを取ればよいのではありませんか

いいえ。消費税及び地方消費税は、指定された税目のうちの1つです。法人なら3税目、個人事業主なら5税目を1枚の「その3」にまとめて証明してもらう形になります。消費税だけの証明書では、源泉所得税や法人税（個人事業主なら申告所得税・相続税・贈与税）に未納がないことを示せません。

反対に、消費税を納める義務のない事業者が「消費税の欄は不要」と自分で判断して税目から外すことにも慎重になったほうがよいと整理できます。運用要領は税目を列挙しているだけで、事業者の課税状況によって税目を減らせるとは書いていないためです。迷うときは、請求先の税務署に「特定技能の在留申請で、この税目の未納がないことの証明が必要」と伝えて相談するのが確実です。

Q4. 個人事業主は、なぜ相続税・贈与税まで必要なのですか

運用要領が個人事業主の国税の税目として列挙しているからです。理由の説明はありませんが、個人事業主は事業者本人がそのまま特定技能所属機関になるため、本人が納める国税全般の未納の有無を確かめる構成になっていると整理できます。法人と同じ感覚で3税目だけを請求すると、申請人側で取り直しになるので注意してください。

個人事業主の場合は、健康保険・厚生年金保険の適用事業所でなければ、事業主本人の国民健康保険料（税）の納付証明書（直近2年度分）や国民年金保険料の資料も求められます。税と保険の書類が別々の窓口になるので、取得の段取りを先に組んでおくと手戻りが減ります。

Q5. 未納がある、または分割で納めている場合はどうなりますか

猶予などを受けているなら、その税目は「その1（未納税額のみ）」で示します。運用要領は、未納がある税目について、備考欄に換価の猶予・納税の猶予・納付受託中である旨の記載がある「未納税額のみ」のその1を挙げています（猶予期間内のものに限る）。地方税は、猶予を受けていることが納税証明書に記載されていない場合に、猶予の通知書の写しで示します。

また運用要領は、納付すべき税に未納があっても、地方出入国在留管理局の助言・指導に基づいて納付した場合は租税関係法令を遵守しているものと評価する、としています。気づいた時点で税務署等に相談し、必要な手続を取ることが先です。

Q6. 国税の納税証明書は、どこで・いくらで取れますか

税務署に請求します。e-Taxで請求すれば、書面を税務署か郵送で受け取るか、電子ファイルで受け取れます。e-Taxで請求する場合の手数料は、国税庁の案内では次のとおりです。

e-Taxでの受取方法	その3（その3の2・その3の3を含む）の手数料	補足
書面（税務署で受取・郵送）	枚数×370円	郵送は郵送料が別にかかる。窓口受取は現金又は収入印紙、郵送受取はペイジーで電子納付
電子納税証明書（電子ファイル）	370円	1回の請求で1ファイル。手数料はペイジーで電子納付

その3の手数料は「枚数」で数えるので、法人の3税目・個人事業主の5税目を1枚にまとめても、税目の数だけ手数料が増えるわけではありません。e-Taxを使わず書面で請求する場合の請求先・手数料・受付時間は、請求前に国税庁や税務署の案内で確かめてください。

電子納税証明書は便利ですが、国税庁は請求前に提出先が電子データでの提出を受け付けるかを確かめるよう案内しています。PDF形式は提出先が認めれば印刷して出せますが、XML形式は印刷したものに効力がありません。申請の出し方（窓口かオンラインか）とあわせて、依頼している行政書士と形式を決めておくと確実です。

Q7. 住民税の納税証明書は、どの年度のものが必要ですか

直近2年度分です。法人は法人住民税、個人事業主は個人住民税を税目とする納税証明書を、地方税を納めている自治体で取得します。国税の「その3」は税務署、住民税は市区町村などと、請求先が分かれる点に注意してください。複数の自治体に事業所がある法人は、どの自治体の証明書を出すかを、依頼している行政書士や提出書類の一覧表で確かめてから請求するのが確実です。

いつ出すのか：申請と定期届出

Q8. 社員の申請のたびに、毎回この証明書を出すのですか

一定の基準を満たせば、在留諸申請のときは省略できます。運用要領は、国税・住民税・労働保険料・社会保険料の納付資料などを「適格性書類」とまとめ、一定の基準を満たす場合は申請時の提出を省略でき、その場合は年1回の定期届出の添付書類として出す、としています（第2章第3節）。

一定の基準は、次のどちらかです。

• 同一年度内に、既に特定技能外国人を受け入れていること
• 過去3年間に指導勧告書の交付又は改善命令処分を受けておらず、在留諸申請をオンライン申請・各種届出を電子届出で行い、かつ一定の実績があり適正な受入れが見込まれる機関であること（上場企業、保険業を営む相互会社、イノベーション創出企業、一定の条件を満たす企業等、前年分の給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表で源泉徴収税額が1,000万円以上の団体・個人、3年間の継続した受入れ実績があり過去3年間に債務超過となっていない法人のいずれか）

省略する場合でも、地方出入国在留管理局から提出を求められたら出す必要があります。派遣雇用で一定の場合は省略が認められないなど、運用要領には例外も書かれているので、詳細は運用要領で確かめてください。初めて特定技能外国人を受け入れる会社は、まず申請時に出す前提で準備してください。

Q9. 定期届出では、納税証明書を出しますか

原則として出します。定期届出（特定技能外国人の受入れ・活動・支援実施状況に係る届出）は、4月1日から翌年3月31日までの状況を、翌年の4月1日から5月31日までに届け出るものです。運用要領は、国税・住民税の納付資料を含む適格性書類を、この届出の添付書類として提出しなければならないとしています（第7章第7節）。

ただし定期届出でも、①過去3年間に指導勧告書の交付又は改善命令処分を受けていない、②在留諸申請をオンライン申請、各種届出を電子届出で行う、③Q8と同じ①〜⑥のいずれかに当たる、という基準を満たせば、適格性書類の提出を省略できます。省略するときは、一定の事業規模及び基準適合性に関する誓約書（参考様式第5-16号）や書類省略に当たっての誓約書（参考様式第1-29号）などを出す形です。届出の提出者は特定技能所属機関で、支援を全部委託している場合も、所属機関が登録支援機関から支援の実施状況を取りまとめて提出します。

Q10. 2027年5月の定期届出に向けて、今のうちにすることはありますか

書類の省略を使いたいなら、オンライン申請・電子届出の利用者登録を早めに申請してください。運用要領は、利用者登録の完了には一定の期間がかかり、完了していないと一定の基準を満たせず省略が認められない場合があるとして、提出期限の5か月前には利用者登録を申請するよう求めています。5月31日が期限の定期届出なら、2026年12月末ごろが目安になります。

省略の基準に当たらない会社は、Q1の表の証明書を届出に添付することになります。税務署と自治体の両方に請求が要るので、4月の届出期間に入ってから慌てないよう、請求の担当と時期を年度内に決めておくと安心です。所属機関の職員がオンライン申請を使う手順は、受入企業が自社申請を始める手順の記事にまとめています。

証明書を請求する前の確認表

確認項目	確認方法	根拠
法人か個人事業主か、それに合った税目か	請求書の税目欄を表と照らし合わせる（法人3税目・個人事業主5税目）	運用要領 第5章第2節第1（1）
その3の3・その3の2を取っていないか	証明書の種類が「その3」で、源泉所得税が入っているか	国税庁 e-Taxの納税証明書の案内
未納・猶予の有無	猶予中の税目はその1（未納税額のみ）、地方税は必要に応じ通知書の写しを用意	運用要領 第5章第2節第1（1）
住民税の証明書（直近2年度分）	請求先の自治体と年度を決める	運用要領 第5章第2節第1（1）
今回の申請で省略できるか	同一年度内の受入れ実績、又はオンライン・電子届出と①〜⑥の該当を確かめる	運用要領 第2章第3節
定期届出の利用者登録	省略を使うなら提出期限の5か月前までに申請	運用要領 第7章第7節

会社の税務の状況や事業所の数によって、出すべき証明書が表のとおりに決まらない場合があります。証明書の請求そのものは税務署・自治体、申請書類の組み立ては依頼している行政書士に相談するのが確実です。支援を委託している登録支援機関には、定期届出の時期と書類の分担を年明けまでに共有しておくと、5月の提出が詰まりません。

RakuVisaで書類の確認を支える

RakuVisaは2026年10月に、特定技能の申請を対象とするAIチェック機能を全利用者へ公開しました（2026年10月のアップデート情報）。お知らせで公表した範囲では、必要書類の判定と、課税証明書と納税証明書の食い違いの確認が対象です。この記事で扱った「その3」の税目の選び方は、請求の段階で人が確かめる部分です。最終的な書類の判断は、申請を担う会社や行政書士が行います。

参考（公的情報）

• 出入国在留管理庁「特定技能運用要領」（特定技能外国人の受入れに関する運用要領）
• 出入国在留管理庁「特定技能所属機関・登録支援機関による届出（提出書類）」
• 国税庁 e-Tax「納税証明書の交付請求（電子納税証明書）」
• 国税庁 e-Tax「納税証明書の電子申請・書面発行の場合の交付手数料」

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